Der heutige Strausberger Platz entsteht(1952)
Verzögerungen beim Wiederaufbau
Erste Sicherungsmaßnahmen wurden vorgenommen und der Innenraum der Ruine enttrümmert. Einen Architekten stellte man jedoch erst im April 1953 ein, als die bereitgestellten Mittel bereits anderweitig verausgabt worden waren. Weil sich die vom Architekten eingereichten Unterlagen als unvollständig erwiesen, konnte die Baugenehmigung erst im Dezember 1953 erteilt werden. Dann fehlte es wiederum an Geld. Als dieses schließlich aus einem Züricher Kirchenverbund und zwei weiteren kircheninternen Quellen zusammengetragen war, mangelte es erneut an der Baugenehmigung.
Inzwischen waren Planung und Aufbau des neuen Strausberger Platzes weit fortgeschritten, die achtgeschossige Randbebauung galt unter damaligen Verhältnissen als Hochbauten. Und dennoch lugte der kriegsbeschädigte Kirchturm wie zum Hohn weiter über die nagelneue sozialistische Pracht. Henselmann, der maßgeblich an der Gestaltung des Platzes beteiligt war, teilte im März 1954 im Namen der Meisterwerkstatt Städtebau dem Synodalverband mit, dass man die Durchführung der Projektierung der Kirche für verfrüht halte. Diese Äußerung wird als das Aus für den Wiederaufbau angesehen.
Im Juni 1955 wurde der Gemeinde angekündigt, dass die Ruine zur Gefahrenbeseitigung gesprengt werden müsse. In ihrer Ausgabe vom 7./8. Januar 1956 schrieb die Berliner Tageszeitung „Neue Zeit“ angesichts der Markus-Kirche von „Problemen, die die Planer des Stalinalleeviertels stark berühren müssen“ und stellte einen Wiederaufbau an anderer Stelle in Aussicht. Dieser wurde nie realisiert. Während der Verhandlungen um einen Grundstückstausch kam es in der Tat zu einem tödlichen Unfall in der Kirche durch explodierende Kriegsmunition.
Schließlich wurde die Ruine am 26. April 1957 gesprengt. Am 5. September 1958 teilte die Berliner Zeitung mit, dass sich die FDJ Friedrichshain im Rahmen einer großangelegten Trümmerbeseitigungsaktion die Räumung der Reste der Markus-Kirche vorgenommen hat. Damit verschwand auch der Name der Kirche aus der Öffentlichkeit. Die Gemeinde bestand jedoch weiter fort und vereinigte sich mit der Andreas-Gemeinde, die ebenfalls ihr Gotteshaus verloren hatte. Mit der offiziell durchgesetzten Bezeichnung: „kriegszerstört“ verschwieg die SED bewusst die Tatsache, dass eine Rettung des einmaligen Baudenkmals aus politischen Gründen nicht gewollt war.